O Arquivo histórico da Santa Casa da Misericórdia de Almada é constituído pela documentação produzida e recebida desde a fundação da Confraria da Santa Casa da Misericórdia de Almada em 1555 até à primeira metade do século XX e bem como pelos documentos da gafaria de S. Lázaro de Cacilhas e do hospital de Santa Maria de Almada, além de outros fundos que se encontram à guarda da instituição.
Entre os documentos mais antigos podemos encontrar um traslado da audiência concedida por João Afonso, criado e ouvidor de D. Nuno Álvares Pereira, a João Amador, mamposteiro da gafaria de Cacilhas, datado de 1413 (era cristã). Destacamos ainda a carta da fundação de 1555, a confirmação de D. João III de todos os privilégios e compromisso da irmandade da Misericórdia de Almada, datado de 1556 e a eleição de Fernão Mendes Pinto como mamposteiro em 1573 e posteriormente em 1578, onde se encontra a assinatura autógrafa do mesmo.
Todo o espólio documental do arquivo histórico constitui um rico testemunho, não só da atividade assistencial e religiosa da Misericórdia de Almada, como também a sua vida administrativa, patrimonial, financeira e social reflete e por vezes confunde-se com a própria vivência social e económica do concelho de Almada e seu termo.